Das abgebadete Wasser in den Schwimmbecken wird nur auf natürliche Weise gereinigt. Es erfolgt kein Zusatz von chemischen Stoffen, also ein Bad ganz ohne Chlor. Keine geröteten Augen mehr nach dem Schwimmbadbesuch im besonders weichen Wasser.
Der Schwimm- und der Regenerationsbereich sind räumlich von einander getrennt.
Das Wasser im Badebereich läuft kontinuierlich über die Überlaufrinnen in einen Sammelschacht. Von dort wird es zur Trübungs- und Nährstoffelimination in den Filterbereich gepumpt. Dieser besteht aus einem Nassfilter und einem Neptunfilter

Als Filtermaterial wird Oolith-Splitt verwandt. In der Neptunanlage verteilen 80 Düsen das Wasser gleichmäßig über die 300 m² Filteroberfläche. Bereits bei dieser Wasserbelüftung beginnt der Entkeimungsprozess, der sich im Filterkörper fortsetzt. Das verdüste Wasser sickert vertikal durch den Oolith-Splitt, wird dabei über physikalische und biochemische Prozesse gereinigt, entkeimt und besonders wichtig ist hierbei die Phospatelimination. Auf dem mineralischen Filterkörper siedeln sich Mikroorganismen an, die als Nahrungsquelle die im Wasser befindlichen Schmutzstoffe nutzen. Parallel dazu wird ein Teil des abgebadeten Wassers dem Wurzelbereich des 2. Filters, dem Nassfilter (ca. 100 m²), zugeführt. Dieser unterstützt und verstärkt die Wirkung der 1. Stufe bedingt durch die längere Verweildauer. Das Filterbecken ist mit Schilf, Seebinsen, Sumpf-Schwertlilien, Froschlöffel, Seggen und Tausendblatt bepflanzt.
Das in den Filtern aufgereinigte Wasser wird über Drainageleitungen in einem Schacht gesammelt und zum Badebereich gepumpt. Der Zulauf erfolgt über Düsen im unteren Beckenbereich. In den Becken ist die Position der Zulaufdüsen auf die vorhandenen Überlaufrinnen abgestimmt, damit im gesamten Bereich das Wasser ständig in Bewegung bleibt. Die erstmalige Befüllung des Naturbades in Hude sowie das Nachfüllen der Verdunstungsmengen erfolgt über einen neuen Grundwasserbrunnen. Somit wird kein wertvolles Trinkwasser mehr für die Beckenbefüllung benötigt. Diesem Rohwasser wird in dem ehemaligen Filterhaus in einer Mehrkammertechnik mit Filtern das Eisen entzogen. Das Brauchwasser wird anschließend zusammen mit dem abgebadeten Wasser zum Filterbereich gepumpt. Eine SPS-Anlage steuert über bestimmte Parameter das System. U. a. darf die Wadie Wassertemperatur 23 Grad nicht überschreiten. Die Wassertemperatur ist durch die bessere Erwärmung der Flachwasserzonen in Hude etwas höher als in kals in unbeheizten konventionellen Anlagen. Nur für den Sanitärbereich und für die Duschen an den Durchschreitebecken wird weiterhin Wasser aus dem öffentlichen Leitungsnetz benötigt.